LOC_Os08g05240 (Oryza sativa)
CCHC ZF

RBP Information

Pfam ID Interpro ID Gene ID CISBP-RNA ID Sequence source
PF00098 (zf-CCHC) IPR001878 LOC_Os08g05240 T11898_0.6 Ensembl (2011-Oct-26) Link out

Directly determined binding motifs

Name/Motif ID Species Sequence Logo IUPAC Type/Study/Study ID RBD
Identity
No direct experiments

Motifs from related RBPs

Name/Motif ID Species Sequence Logo IUPAC Type/Study/Study ID RBD
Identity
No RBPs with similar RNA binding domains

RNA Binding Domains

Protein ID Domain From To Sequence
LOC_Os08g05240.1 CCHC ZF 100 117
LOC_Os08g05240.1 CCHC ZF 201 218
LOC_Os08g05240.1 CCHC ZF 237 253
LOC_Os08g05240.1 CCHC ZF 309 326

Links

Other CCHC ZF family RBPs
Other Oryza sativa RBPs

52 Related RBPs

Due to potential differences in protein isoforms or tested constructs, some RBPs without inferred motifs might appear in this list.
Name Species Gene ID Motif Evidence RBD
Identity		 Action
LOC_Os01g02629 Oryza sativa LOC_Os01g02629 N 0.972
LOC_Os01g24180 Oryza sativa LOC_Os01g24180 N 0.817
LOC_Os01g24380 Oryza sativa LOC_Os01g24380 N 0.958
LOC_Os02g24530 Oryza sativa LOC_Os02g24530 N 0.803
LOC_Os03g23140 Oryza sativa LOC_Os03g23140 N 0.958
LOC_Os04g06420 Oryza sativa LOC_Os04g06420 N 0.972
LOC_Os04g06480 Oryza sativa LOC_Os04g06480 N 0.887
LOC_Os04g13390 Oryza sativa LOC_Os04g13390 N 0.819
LOC_Os04g18260 Oryza sativa LOC_Os04g18260 N 0.958
LOC_Os04g21420 Oryza sativa LOC_Os04g21420 N 0.901
LOC_Os04g38110 Oryza sativa LOC_Os04g38110 N 0.915
LOC_Os05g07490 Oryza sativa LOC_Os05g07490 N 0.901
LOC_Os05g08020 Oryza sativa LOC_Os05g08020 N 0.972
LOC_Os05g17290 Oryza sativa LOC_Os05g17290 N 0.958
LOC_Os05g17330 Oryza sativa LOC_Os05g17330 N 0.958
LOC_Os05g18260 Oryza sativa LOC_Os05g18260 N 0.958
LOC_Os05g18270 Oryza sativa LOC_Os05g18270 N 0.958
LOC_Os05g19780 Oryza sativa LOC_Os05g19780 N 0.986
LOC_Os05g20250 Oryza sativa LOC_Os05g20250 N 0.944
LOC_Os06g17200 Oryza sativa LOC_Os06g17200 N 0.958
LOC_Os06g25120 Oryza sativa LOC_Os06g25120 N 0.873
LOC_Os06g31544 Oryza sativa LOC_Os06g31544 N 0.845
LOC_Os06g31850 Oryza sativa LOC_Os06g31850 N 0.931
LOC_Os06g32090 Oryza sativa LOC_Os06g32090 N 0.958
LOC_Os06g32770 Oryza sativa LOC_Os06g32770 N 0.944
LOC_Os07g14960 Oryza sativa LOC_Os07g14960 N 0.958
LOC_Os07g30720 Oryza sativa LOC_Os07g30720 N 0.944
LOC_Os08g08540 Oryza sativa LOC_Os08g08540 N 0.958
LOC_Os08g10830 Oryza sativa LOC_Os08g10830 N 0.958
LOC_Os08g20260 Oryza sativa LOC_Os08g20260 N 0.887
LOC_Os08g21020 Oryza sativa LOC_Os08g21020 N 0.887
LOC_Os08g24230 Oryza sativa LOC_Os08g24230 N 0.986
LOC_Os08g24540 Oryza sativa LOC_Os08g24540 N 0.958
LOC_Os09g01190 Oryza sativa LOC_Os09g01190 N 0.958
LOC_Os09g09070 Oryza sativa LOC_Os09g09070 N 0.986
LOC_Os09g13990 Oryza sativa LOC_Os09g13990 N 0.887
LOC_Os09g17140 Oryza sativa LOC_Os09g17140 N 0.986
LOC_Os09g23840 Oryza sativa LOC_Os09g23840 N 0.901
LOC_Os10g12260 Oryza sativa LOC_Os10g12260 N 0.873
LOC_Os10g13340 Oryza sativa LOC_Os10g13340 N 0.986
LOC_Os10g14250 Oryza sativa LOC_Os10g14250 N 0.901
LOC_Os10g17150 Oryza sativa LOC_Os10g17150 N 0.901
LOC_Os10g18590 Oryza sativa LOC_Os10g18590 N 0.986
LOC_Os11g31210 Oryza sativa LOC_Os11g31210 N 0.944
LOC_Os12g11180 Oryza sativa LOC_Os12g11180 N 0.944
LOC_Os12g26820 Oryza sativa LOC_Os12g26820 N 0.958
LOC_Os12g28940 Oryza sativa LOC_Os12g28940 N 0.972
LOC_Os12g29030 Oryza sativa LOC_Os12g29030 N 1.000
LOC_Os12g29060 Oryza sativa LOC_Os12g29060 N 0.972
LOC_Os12g30100 Oryza sativa LOC_Os12g30100 N 0.887
LOC_Os12g34050 Oryza sativa LOC_Os12g34050 N 0.972
LOC_Os12g34140 Oryza sativa LOC_Os12g34140 N 0.986