LOC_Os05g17720 (Oryza sativa)
CCHC ZF

RBP Information

Pfam ID Interpro ID Gene ID CISBP-RNA ID Sequence source
PF00098 (zf-CCHC) IPR001878 LOC_Os05g17720 T11426_0.6 Ensembl (2011-Oct-26) Link out

Directly determined binding motifs

Name/Motif ID Species Sequence Logo IUPAC Type/Study/Study ID RBD
Identity
No direct experiments

Motifs from related RBPs

Name/Motif ID Species Sequence Logo IUPAC Type/Study/Study ID RBD
Identity
No RBPs with similar RNA binding domains

RNA Binding Domains

Protein ID Domain From To Sequence
LOC_Os05g17720.1 CCHC ZF 132 148
LOC_Os05g17720.1 CCHC ZF 304 321
LOC_Os05g17720.1 CCHC ZF 340 356

Links

Other CCHC ZF family RBPs
Other Oryza sativa RBPs

43 Related RBPs

Due to potential differences in protein isoforms or tested constructs, some RBPs without inferred motifs might appear in this list.
Name Species Gene ID Motif Evidence RBD
Identity		 Action
LOC_Os06g18730 Oryza sativa LOC_Os06g18730 N 1.000
LOC_Os01g37570 Oryza sativa LOC_Os01g37570 N 1.000
LOC_Os12g18050 Oryza sativa LOC_Os12g18050 N 1.000
LOC_Os06g31750 Oryza sativa LOC_Os06g31750 N 1.000
LOC_Os05g17580 Oryza sativa LOC_Os05g17580 N 0.981
LOC_Os08g24080 Oryza sativa LOC_Os08g24080 N 0.981
LOC_Os01g29070 Oryza sativa LOC_Os01g29070 N 0.981
13113.t00005 Oryza sativa 13113.t00005 N 0.981
LOC_Os05g18030 Oryza sativa LOC_Os05g18030 N 0.981
LOC_Os02g25390 Oryza sativa LOC_Os02g25390 N 0.981
LOC_Os04g05240 Oryza sativa LOC_Os04g05240 N 0.981
LOC_Os09g09080 Oryza sativa LOC_Os09g09080 N 0.981
LOC_Os03g23230 Oryza sativa LOC_Os03g23230 N 0.981
LOC_Os11g35170 Oryza sativa LOC_Os11g35170 N 0.962
LOC_Os12g25600 Oryza sativa LOC_Os12g25600 N 0.962
LOC_Os12g33800 Oryza sativa LOC_Os12g33800 N 0.962
LOC_Os02g23828 Oryza sativa LOC_Os02g23828 N 0.962
LOC_Os05g08270 Oryza sativa LOC_Os05g08270 N 0.962
LOC_Os04g53900 Oryza sativa LOC_Os04g53900 N 0.962
LOC_Os04g06402 Oryza sativa LOC_Os04g06402 N 0.962
LOC_Os01g35400 Oryza sativa LOC_Os01g35400 N 0.962
LOC_Os10g16780 Oryza sativa LOC_Os10g16780 N 0.962
LOC_Os08g20952 Oryza sativa LOC_Os08g20952 N 0.962
LOC_Os05g26300 Oryza sativa LOC_Os05g26300 N 0.962
LOC_Os05g22850 Oryza sativa LOC_Os05g22850 N 0.962
LOC_Os05g18060 Oryza sativa LOC_Os05g18060 N 0.962
LOC_Os08g45260 Oryza sativa LOC_Os08g45260 N 0.962
LOC_Os08g12110 Oryza sativa LOC_Os08g12110 N 0.962
LOC_Os09g13140 Oryza sativa LOC_Os09g13140 N 0.962
LOC_Os09g06870 Oryza sativa LOC_Os09g06870 N 0.962
LOC_Os09g09020 Oryza sativa LOC_Os09g09020 N 0.942
LOC_Os05g17700 Oryza sativa LOC_Os05g17700 N 0.942
LOC_Os05g20800 Oryza sativa LOC_Os05g20800 N 0.942
LOC_Os08g27380 Oryza sativa LOC_Os08g27380 N 0.942
LOC_Os05g19430 Oryza sativa LOC_Os05g19430 N 0.942
LOC_Os03g32970 Oryza sativa LOC_Os03g32970 N 0.942
LOC_Os07g17880 Oryza sativa LOC_Os07g17880 N 0.942
LOC_Os08g22940 Oryza sativa LOC_Os08g22940 N 0.923
LOC_Os04g14050 Oryza sativa LOC_Os04g14050 N 0.923
LOC_Os08g24100 Oryza sativa LOC_Os08g24100 N 0.923
LOC_Os07g24720 Oryza sativa LOC_Os07g24720 N 0.923
LOC_Os10g18730 Oryza sativa LOC_Os10g18730 N 0.865
LOC_Os10g17210 Oryza sativa LOC_Os10g17210 N 0.830