mbnl3 (Danio rerio)
CCCH ZF

RBP Information

Pfam ID Interpro ID Gene ID CISBP-RNA ID Sequence source
PF00642 (zf-CCCH) IPR000571 ENSDARG00000016085 T02437_0.6 Ensembl (2011-Oct-26) Link out

Directly determined binding motifs

Name/Motif ID Species Sequence Logo IUPAC Type/Study/Study ID RBD
Identity
No direct experiments

Motifs from related RBPs

Name/Motif ID Species Sequence Logo IUPAC Type/Study/Study ID RBD
Identity
MBNL1
M320_0.6 		Homo sapiens YYYGCUKY; YGCY SELEX
Cook et al.(2011)
669_20071745 		0.839
MBNL1
M037_0.6 		Homo sapiens GCUUGC RNAcompete
Ray et al.(2013)
RNCMPT00038 		0.839
For this family, RBPs with RBD identity > 0.7 will likely have a similar motif

RNA Binding Domains

Protein ID Domain From To Sequence
ENSDARP00000010629 CCCH ZF 16 40
ENSDARP00000010629 CCCH ZF 57 72
ENSDARP00000010629 CCCH ZF 177 203
ENSDARP00000010629 CCCH ZF 215 237
ENSDARP00000100484 CCCH ZF 16 40
ENSDARP00000100484 CCCH ZF 57 72
ENSDARP00000100484 CCCH ZF 177 203
ENSDARP00000100484 CCCH ZF 215 237
ENSDARP00000101753 CCCH ZF 16 40
ENSDARP00000101753 CCCH ZF 57 72
ENSDARP00000101753 CCCH ZF 177 203
ENSDARP00000101753 CCCH ZF 215 237
ENSDARP00000102821 CCCH ZF 16 40
ENSDARP00000102821 CCCH ZF 57 72
ENSDARP00000102821 CCCH ZF 177 203
ENSDARP00000102821 CCCH ZF 215 237

Links

Other CCCH ZF family RBPs
Other Danio rerio RBPs

112 Related RBPs

Due to potential differences in protein isoforms or tested constructs, some RBPs without inferred motifs might appear in this list.
Name Species Gene ID Motif Evidence RBD
Identity		 Action
LOC_Os05g51200 Oryza sativa LOC_Os05g51200 N 0.000
LOC_Os07g18620 Oryza sativa LOC_Os07g18620 N 0.000
LOC_Os07g23460 Oryza sativa LOC_Os07g23460 N 0.000
LOC_Os07g24110 Oryza sativa LOC_Os07g24110 N 0.000
LOC_Os07g24340 Oryza sativa LOC_Os07g24340 N 0.000
LOC_Os07g32180 Oryza sativa LOC_Os07g32180 N 0.000
LOC_Os07g34860 Oryza sativa LOC_Os07g34860 N 0.000
LOC_Os07g36990 Oryza sativa LOC_Os07g36990 N 0.000
LOC_Os07g41610 Oryza sativa LOC_Os07g41610 N 0.000
LOC_Os08g08350 Oryza sativa LOC_Os08g08350 N 0.000
LOC_Os08g08870 Oryza sativa LOC_Os08g08870 N 0.000
LOC_Os08g15870 Oryza sativa LOC_Os08g15870 N 0.000
LOC_Os08g19250 Oryza sativa LOC_Os08g19250 N 0.000
LOC_Os08g23480 Oryza sativa LOC_Os08g23480 N 0.000
LOC_Os08g34440 Oryza sativa LOC_Os08g34440 N 0.000
LOC_Os08g35170 Oryza sativa LOC_Os08g35170 N 0.000
LOC_Os08g36160 Oryza sativa LOC_Os08g36160 N 0.000
LOC_Os07g17030 Oryza sativa LOC_Os07g17030 N 0.000
LOC_Os07g15780 Oryza sativa LOC_Os07g15780 N 0.000
LOC_Os07g15260 Oryza sativa LOC_Os07g15260 N 0.000
LOC_Os06g08630 Oryza sativa LOC_Os06g08630 N 0.000
LOC_Os06g15460 Oryza sativa LOC_Os06g15460 N 0.000
LOC_Os06g16830 Oryza sativa LOC_Os06g16830 N 0.000
LOC_Os06g20720 Oryza sativa LOC_Os06g20720 N 0.000
LOC_Os06g24360 Oryza sativa LOC_Os06g24360 N 0.000
LOC_Os06g25270 Oryza sativa LOC_Os06g25270 N 0.000
LOC_Os06g29300 Oryza sativa LOC_Os06g29300 N 0.000
LOC_Os06g30840 Oryza sativa LOC_Os06g30840 N 0.000
LOC_Os06g35550 Oryza sativa LOC_Os06g35550 N 0.000
LOC_Os06g38820 Oryza sativa LOC_Os06g38820 N 0.000
LOC_Os06g40980 Oryza sativa LOC_Os06g40980 N 0.000
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LOC_Os07g03670 Oryza sativa LOC_Os07g03670 N 0.000
LOC_Os07g03940 Oryza sativa LOC_Os07g03940 N 0.000
LOC_Os07g08560 Oryza sativa LOC_Os07g08560 N 0.000
LOC_Os07g13610 Oryza sativa LOC_Os07g13610 N 0.000
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LOC_Os11g30470 Oryza sativa LOC_Os11g30470 N 0.000
LOC_Os11g31840 Oryza sativa LOC_Os11g31840 N 0.000
LOC_Os11g31970 Oryza sativa LOC_Os11g31970 N 0.000
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LOC_Os12g27730 Oryza sativa LOC_Os12g27730 N 0.000
LOC_Os12g30310 Oryza sativa LOC_Os12g30310 N 0.000
LOC_Os12g34700 Oryza sativa LOC_Os12g34700 N 0.000
LOC_Os12g35800 Oryza sativa LOC_Os12g35800 N 0.000
LOC_Os12g39800 Oryza sativa LOC_Os12g39800 N 0.000
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LOC_Os11g17200 Oryza sativa LOC_Os11g17200 N 0.000
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LOC_Os09g21020 Oryza sativa LOC_Os09g21020 N 0.000
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