CISBP-RNA Database: Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences of RNA binding proteins
Home
Tools
Download cart
Bulk downloads
Database stats
Contact us
Help
How to cite
LOC_Os01g25679
(
Oryza sativa
)
CCHC ZF
RBP Information
Pfam ID
Interpro ID
Gene ID
CISBP-RNA ID
Sequence source
PF00098 (zf-CCHC)
IPR001878
LOC_Os01g25679
T10752_0.6
Ensembl (2011-Oct-26)
Link out
Directly determined binding motifs
Name/Motif ID
Species
Sequence Logo
IUPAC
Type/Study/Study ID
RBD
Identity
No direct experiments
Motifs from related RBPs
Name/Motif ID
Species
Sequence Logo
IUPAC
Type/Study/Study ID
RBD
Identity
No RBPs with similar RNA binding domains
RNA Binding Domains
Protein ID
Domain
From
To
Sequence
LOC_Os01g25679.1
CCHC ZF
24
41
GSCFNCGEYGHFANKCPH
Links
Other
CCHC ZF
family RBPs
Other
Oryza sativa
RBPs
196 Related RBPs
Due to potential differences in protein isoforms or tested constructs, some RBPs without inferred motifs might appear in this list.
Name
Species
Gene ID
Motif Evidence
RBD
Identity
Action
LOC_Os11g27050
Oryza sativa
LOC_Os11g27050
N
1.000
LOC_Os01g19100
Oryza sativa
LOC_Os01g19100
N
1.000
LOC_Os04g05730
Oryza sativa
LOC_Os04g05730
N
1.000
LOC_Os09g08750
Oryza sativa
LOC_Os09g08750
N
1.000
LOC_Os07g26220
Oryza sativa
LOC_Os07g26220
N
1.000
LOC_Os12g23060
Oryza sativa
LOC_Os12g23060
N
1.000
LOC_Os04g07510
Oryza sativa
LOC_Os04g07510
N
1.000
LOC_Os03g59810
Oryza sativa
LOC_Os03g59810
N
1.000
LOC_Os04g11310
Oryza sativa
LOC_Os04g11310
N
1.000
LOC_Os07g30430
Oryza sativa
LOC_Os07g30430
N
1.000
LOC_Os02g34450
Oryza sativa
LOC_Os02g34450
N
1.000
LOC_Os07g20330
Oryza sativa
LOC_Os07g20330
N
1.000
LOC_Os11g03250
Oryza sativa
LOC_Os11g03250
N
1.000
LOC_Os10g28930
Oryza sativa
LOC_Os10g28930
N
1.000
LOC_Os07g16000
Oryza sativa
LOC_Os07g16000
N
1.000
LOC_Os12g26790
Oryza sativa
LOC_Os12g26790
N
1.000
LOC_Os11g30860
Oryza sativa
LOC_Os11g30860
N
1.000
LOC_Os07g33500
Oryza sativa
LOC_Os07g33500
N
0.944
LOC_Os01g34250
Oryza sativa
LOC_Os01g34250
N
0.944
LOC_Os06g24960
Oryza sativa
LOC_Os06g24960
N
0.944
LOC_Os05g29120
Oryza sativa
LOC_Os05g29120
N
0.944
LOC_Os07g22090
Oryza sativa
LOC_Os07g22090
N
0.889
LOC_Os04g09480
Oryza sativa
LOC_Os04g09480
N
0.889
LOC_Os08g30010
Oryza sativa
LOC_Os08g30010
N
0.833
LOC_Os08g40770
Oryza sativa
LOC_Os08g40770
N
0.833
LOC_Os08g23050
Oryza sativa
LOC_Os08g23050
N
0.833
LOC_Os08g20170
Oryza sativa
LOC_Os08g20170
N
0.833
LOC_Os08g32790
Oryza sativa
LOC_Os08g32790
N
0.833
LOC_Os08g20370
Oryza sativa
LOC_Os08g20370
N
0.833
LOC_Os07g28510
Oryza sativa
LOC_Os07g28510
N
0.833
LOC_Os12g04910
Oryza sativa
LOC_Os12g04910
N
0.833
LOC_Os12g04810
Oryza sativa
LOC_Os12g04810
N
0.833
LOC_Os07g14250
Oryza sativa
LOC_Os07g14250
N
0.833
LOC_Os07g04090
Oryza sativa
LOC_Os07g04090
N
0.833
LOC_Os12g08620
Oryza sativa
LOC_Os12g08620
N
0.833
LOC_Os06g48900
Oryza sativa
LOC_Os06g48900
N
0.833
LOC_Os11g44720
Oryza sativa
LOC_Os11g44720
N
0.833
LOC_Os07g24290
Oryza sativa
LOC_Os07g24290
N
0.833
LOC_Os07g30910
Oryza sativa
LOC_Os07g30910
N
0.833
LOC_Os08g04950
Oryza sativa
LOC_Os08g04950
N
0.833
LOC_Os07g30730
Oryza sativa
LOC_Os07g30730
N
0.833
LOC_Os11g38090
Oryza sativa
LOC_Os11g38090
N
0.833
LOC_Os07g24990
Oryza sativa
LOC_Os07g24990
N
0.833
LOC_Os01g27960
Oryza sativa
LOC_Os01g27960
N
0.833
LOC_Os09g08900
Oryza sativa
LOC_Os09g08900
N
0.833
LOC_Os10g24460
Oryza sativa
LOC_Os10g24460
N
0.833
LOC_Os10g24620
Oryza sativa
LOC_Os10g24620
N
0.833
LOC_Os10g17820
Oryza sativa
LOC_Os10g17820
N
0.833
LOC_Os10g17560
Oryza sativa
LOC_Os10g17560
N
0.833
LOC_Os11g21950
Oryza sativa
LOC_Os11g21950
N
0.833
LOC_Os10g17050
Oryza sativa
LOC_Os10g17050
N
0.833
LOC_Os10g25720
Oryza sativa
LOC_Os10g25720
N
0.833
LOC_Os10g29980
Oryza sativa
LOC_Os10g29980
N
0.833
LOC_Os11g12874
Oryza sativa
LOC_Os11g12874
N
0.833
LOC_Os11g16870
Oryza sativa
LOC_Os11g16870
N
0.833
LOC_Os11g12850
Oryza sativa
LOC_Os11g12850
N
0.833
LOC_Os11g10900
Oryza sativa
LOC_Os11g10900
N
0.833
LOC_Os10g32649
Oryza sativa
LOC_Os10g32649
N
0.833
LOC_Os11g07790
Oryza sativa
LOC_Os11g07790
N
0.833
LOC_Os10g16900
Oryza sativa
LOC_Os10g16900
N
0.833
LOC_Os10g16720
Oryza sativa
LOC_Os10g16720
N
0.833
LOC_Os09g16350
Oryza sativa
LOC_Os09g16350
N
0.833
LOC_Os09g17030
Oryza sativa
LOC_Os09g17030
N
0.833
LOC_Os06g48380
Oryza sativa
LOC_Os06g48380
N
0.833
LOC_Os09g08180
Oryza sativa
LOC_Os09g08180
N
0.833
LOC_Os09g03350
Oryza sativa
LOC_Os09g03350
N
0.833
LOC_Os11g27410
Oryza sativa
LOC_Os11g27410
N
0.833
LOC_Os09g17450
Oryza sativa
LOC_Os09g17450
N
0.833
LOC_Os09g28260
Oryza sativa
LOC_Os09g28260
N
0.833
LOC_Os10g10460
Oryza sativa
LOC_Os10g10460
N
0.833
LOC_Os10g12630
Oryza sativa
LOC_Os10g12630
N
0.833
LOC_Os10g08820
Oryza sativa
LOC_Os10g08820
N
0.833
LOC_Os10g06270
Oryza sativa
LOC_Os10g06270
N
0.833
LOC_Os09g30494
Oryza sativa
LOC_Os09g30494
N
0.833
LOC_Os11g37440
Oryza sativa
LOC_Os11g37440
N
0.833
LOC_Os12g14460
Oryza sativa
LOC_Os12g14460
N
0.833
LOC_Os03g36030
Oryza sativa
LOC_Os03g36030
N
0.833
LOC_Os03g36350
Oryza sativa
LOC_Os03g36350
N
0.833
LOC_Os03g32360
Oryza sativa
LOC_Os03g32360
N
0.833
LOC_Os03g31930
Oryza sativa
LOC_Os03g31930
N
0.833
LOC_Os03g23200
Oryza sativa
LOC_Os03g23200
N
0.833
LOC_Os03g30710
Oryza sativa
LOC_Os03g30710
N
0.833
13114.t00059
Oryza sativa
13114.t00059
N
0.833
LOC_Os04g05710
Oryza sativa
LOC_Os04g05710
N
0.833
LOC_Os06g48370
Oryza sativa
LOC_Os06g48370
N
0.833
LOC_Os12g30200
Oryza sativa
LOC_Os12g30200
N
0.833
LOC_Os04g22490
Oryza sativa
LOC_Os04g22490
N
0.833
LOC_Os12g31570
Oryza sativa
LOC_Os12g31570
N
0.833
LOC_Os04g13970
Oryza sativa
LOC_Os04g13970
N
0.833
LOC_Os04g17410
Oryza sativa
LOC_Os04g17410
N
0.833
LOC_Os01g14450
Oryza sativa
LOC_Os01g14450
N
0.833
LOC_Os02g57930
Oryza sativa
LOC_Os02g57930
N
0.833
LOC_Os01g73344
Oryza sativa
LOC_Os01g73344
N
0.833
LOC_Os02g01640
Oryza sativa
LOC_Os02g01640
N
0.833
LOC_Os01g63120
Oryza sativa
LOC_Os01g63120
N
0.833
LOC_Os01g23200
Oryza sativa
LOC_Os01g23200
N
0.833
LOC_Os01g28950
Oryza sativa
LOC_Os01g28950
N
0.833
LOC_Os01g29530
Oryza sativa
LOC_Os01g29530
N
0.833
LOC_Os02g01670
Oryza sativa
LOC_Os02g01670
N
0.833
LOC_Os01g23040
Oryza sativa
LOC_Os01g23040
N
0.833
LOC_Os02g46580
Oryza sativa
LOC_Os02g46580
N
0.833
LOC_Os02g47690
Oryza sativa
LOC_Os02g47690
N
0.833
LOC_Os02g42750
Oryza sativa
LOC_Os02g42750
N
0.833
LOC_Os02g42080
Oryza sativa
LOC_Os02g42080
N
0.833
LOC_Os02g22520
Oryza sativa
LOC_Os02g22520
N
0.833
LOC_Os02g37460
Oryza sativa
LOC_Os02g37460
N
0.833
LOC_Os12g29100
Oryza sativa
LOC_Os12g29100
N
0.833
LOC_Os04g24060
Oryza sativa
LOC_Os04g24060
N
0.833
LOC_Os05g19310
Oryza sativa
LOC_Os05g19310
N
0.833
LOC_Os12g21580
Oryza sativa
LOC_Os12g21580
N
0.833
LOC_Os05g23010
Oryza sativa
LOC_Os05g23010
N
0.833
LOC_Os05g18520
Oryza sativa
LOC_Os05g18520
N
0.833
LOC_Os05g16390
Oryza sativa
LOC_Os05g16390
N
0.833
LOC_Os05g10960
Oryza sativa
LOC_Os05g10960
N
0.833
LOC_Os04g48094
Oryza sativa
LOC_Os04g48094
N
0.833
LOC_Os05g23110
Oryza sativa
LOC_Os05g23110
N
0.833
LOC_Os05g24310
Oryza sativa
LOC_Os05g24310
N
0.833
LOC_Os12g12410
Oryza sativa
LOC_Os12g12410
N
0.833
LOC_Os06g32450
Oryza sativa
LOC_Os06g32450
N
0.833
LOC_Os06g14570
Oryza sativa
LOC_Os06g14570
N
0.833
LOC_Os12g18350
Oryza sativa
LOC_Os12g18350
N
0.833
LOC_Os12g20450
Oryza sativa
LOC_Os12g20450
N
0.833
LOC_Os12g20250
Oryza sativa
LOC_Os12g20250
N
0.833
LOC_Os05g07520
Oryza sativa
LOC_Os05g07520
N
0.833
LOC_Os12g23130
Oryza sativa
LOC_Os12g23130
N
0.833
LOC_Os04g51740
Oryza sativa
LOC_Os04g51740
N
0.833
LOC_Os05g07500
Oryza sativa
LOC_Os05g07500
N
0.833
LOC_Os05g03690
Oryza sativa
LOC_Os05g03690
N
0.833
LOC_Os12g25910
Oryza sativa
LOC_Os12g25910
N
0.833
LOC_Os04g54650
Oryza sativa
LOC_Os04g54650
N
0.833
LOC_Os05g05890
Oryza sativa
LOC_Os05g05890
N
0.833
LOC_Os05g07400
Oryza sativa
LOC_Os05g07400
N
0.833
LOC_Os05g07380
Oryza sativa
LOC_Os05g07380
N
0.833
LOC_Os12g28470
Oryza sativa
LOC_Os12g28470
N
0.833
LOC_Os11g20220
Oryza sativa
LOC_Os11g20220
N
0.778
LOC_Os12g17980
Oryza sativa
LOC_Os12g17980
N
0.778
LOC_Os11g20610
Oryza sativa
LOC_Os11g20610
N
0.778
LOC_Os11g19910
Oryza sativa
LOC_Os11g19910
N
0.778
LOC_Os12g25220
Oryza sativa
LOC_Os12g25220
N
0.778
LOC_Os11g23244
Oryza sativa
LOC_Os11g23244
N
0.778
LOC_Os11g39950
Oryza sativa
LOC_Os11g39950
N
0.778
LOC_Os11g21830
Oryza sativa
LOC_Os11g21830
N
0.778
LOC_Os12g43179
Oryza sativa
LOC_Os12g43179
N
0.778
LOC_Os11g38820
Oryza sativa
LOC_Os11g38820
N
0.778
LOC_Os12g33260
Oryza sativa
LOC_Os12g33260
N
0.778
LOC_Os08g14290
Oryza sativa
LOC_Os08g14290
N
0.778
LOC_Os07g20810
Oryza sativa
LOC_Os07g20810
N
0.778
LOC_Os04g18660
Oryza sativa
LOC_Os04g18660
N
0.778
LOC_Os05g15430
Oryza sativa
LOC_Os05g15430
N
0.778
LOC_Os03g44360
Oryza sativa
LOC_Os03g44360
N
0.778
LOC_Os07g17090
Oryza sativa
LOC_Os07g17090
N
0.778
LOC_Os07g15080
Oryza sativa
LOC_Os07g15080
N
0.778
LOC_Os05g26810
Oryza sativa
LOC_Os05g26810
N
0.778
LOC_Os06g31350
Oryza sativa
LOC_Os06g31350
N
0.778
LOC_Os04g43950
Oryza sativa
LOC_Os04g43950
N
0.778
LOC_Os04g22000
Oryza sativa
LOC_Os04g22000
N
0.778
LOC_Os09g03420
Oryza sativa
LOC_Os09g03420
N
0.778
LOC_Os04g01030
Oryza sativa
LOC_Os04g01030
N
0.778
LOC_Os02g44180
Oryza sativa
LOC_Os02g44180
N
0.778
LOC_Os10g20570
Oryza sativa
LOC_Os10g20570
N
0.778
LOC_Os11g17230
Oryza sativa
LOC_Os11g17230
N
0.778
LOC_Os10g06430
Oryza sativa
LOC_Os10g06430
N
0.778
LOC_Os10g16950
Oryza sativa
LOC_Os10g16950
N
0.778
LOC_Os09g03830
Oryza sativa
LOC_Os09g03830
N
0.778
LOC_Os04g53890
Oryza sativa
LOC_Os04g53890
N
0.722
LOC_Os04g48660
Oryza sativa
LOC_Os04g48660
N
0.722
LOC_Os04g55320
Oryza sativa
LOC_Os04g55320
N
0.722
LOC_Os05g04790
Oryza sativa
LOC_Os05g04790
N
0.722
LOC_Os12g28690
Oryza sativa
LOC_Os12g28690
N
0.722
LOC_Os01g35140
Oryza sativa
LOC_Os01g35140
N
0.722
LOC_Os02g19840
Oryza sativa
LOC_Os02g19840
N
0.722
LOC_Os12g33690
Oryza sativa
LOC_Os12g33690
N
0.722
13114.t00078
Oryza sativa
13114.t00078
N
0.722
LOC_Os04g34260
Oryza sativa
LOC_Os04g34260
N
0.722
CBN07680
Caenorhabditis brenneri
CBN07680
N
0.722
LOC_Os03g15450
Oryza sativa
LOC_Os03g15450
N
0.722
LOC_Os12g18320
Oryza sativa
LOC_Os12g18320
N
0.722
LOC_Os09g02110
Oryza sativa
LOC_Os09g02110
N
0.722
LOC_Os09g01450
Oryza sativa
LOC_Os09g01450
N
0.722
LOC_Os08g22110
Oryza sativa
LOC_Os08g22110
N
0.722
LOC_Os09g14790
Oryza sativa
LOC_Os09g14790
N
0.722
LOC_Os11g24000
Oryza sativa
LOC_Os11g24000
N
0.722
LOC_Os11g21790
Oryza sativa
LOC_Os11g21790
N
0.722
LOC_Os11g22550
Oryza sativa
LOC_Os11g22550
N
0.722
LOC_Os11g22910
Oryza sativa
LOC_Os11g22910
N
0.722
LOC_Os08g12210
Oryza sativa
LOC_Os08g12210
N
0.722
LOC_Os11g43460
Oryza sativa
LOC_Os11g43460
N
0.722
LOC_Os05g37230
Oryza sativa
LOC_Os05g37230
N
0.722
LOC_Os05g19330
Oryza sativa
LOC_Os05g19330
N
0.722
LOC_Os12g21640
Oryza sativa
LOC_Os12g21640
N
0.722
LOC_Os05g52070
Oryza sativa
LOC_Os05g52070
N
0.722
LOC_Os11g18620
Oryza sativa
LOC_Os11g18620
N
0.722
LOC_Os06g48440
Oryza sativa
LOC_Os06g48440
N
0.722
LOC_Os06g32120
Oryza sativa
LOC_Os06g32120
N
0.722
LOC_Os06g31640
Oryza sativa
LOC_Os06g31640
N
0.722
LOC_Os05g16850
Oryza sativa
LOC_Os05g16850
N
0.722