CISBP-RNA Database: Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences of RNA binding proteins
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LOC_Os05g37230
(
Oryza sativa
)
CCHC ZF
RBP Information
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CISBP-RNA ID
Sequence source
PF00098 (zf-CCHC)
IPR001878
LOC_Os05g37230
T11527_0.6
Ensembl (2011-Oct-26)
Link out
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Species
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IUPAC
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RBD
Identity
No direct experiments
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Name/Motif ID
Species
Sequence Logo
IUPAC
Type/Study/Study ID
RBD
Identity
No RBPs with similar RNA binding domains
RNA Binding Domains
Protein ID
Domain
From
To
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CCHC ZF
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CCHC ZF
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Other
Oryza sativa
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226 Related RBPs
Due to potential differences in protein isoforms or tested constructs, some RBPs without inferred motifs might appear in this list.
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