CISBP-RNA Database: Catalog of Inferred Sequence Binding Preferences of RNA binding proteins
Home
Tools
Download cart
Bulk downloads
Database stats
Contact us
Help
How to cite
LOC_Os12g11110
(
Oryza sativa
)
CCHC ZF
RBP Information
Pfam ID
Interpro ID
Gene ID
CISBP-RNA ID
Sequence source
PF00098 (zf-CCHC)
IPR001878
LOC_Os12g11110
T12490_0.6
Ensembl (2011-Oct-26)
Link out
Directly determined binding motifs
Name/Motif ID
Species
Sequence Logo
IUPAC
Type/Study/Study ID
RBD
Identity
No direct experiments
Motifs from related RBPs
Name/Motif ID
Species
Sequence Logo
IUPAC
Type/Study/Study ID
RBD
Identity
No RBPs with similar RNA binding domains
RNA Binding Domains
Protein ID
Domain
From
To
Sequence
LOC_Os12g11110.1
CCHC ZF
235
252
VVCFNCGDPGHYADKCPK
Links
Other
CCHC ZF
family RBPs
Other
Oryza sativa
RBPs
598 Related RBPs
Due to potential differences in protein isoforms or tested constructs, some RBPs without inferred motifs might appear in this list.
Name
Species
Gene ID
Motif Evidence
RBD
Identity
Action
LOC_Os10g13300
Oryza sativa
LOC_Os10g13300
N
1.000
LOC_Os09g23860
Oryza sativa
LOC_Os09g23860
N
0.944
LOC_Os09g13210
Oryza sativa
LOC_Os09g13210
N
1.000
LOC_Os09g12890
Oryza sativa
LOC_Os09g12890
N
0.944
LOC_Os09g09100
Oryza sativa
LOC_Os09g09100
N
0.944
LOC_Os09g01230
Oryza sativa
LOC_Os09g01230
N
1.000
LOC_Os09g01100
Oryza sativa
LOC_Os09g01100
N
0.944
LOC_Os09g01070
Oryza sativa
LOC_Os09g01070
N
1.000
LOC_Os08g27110
Oryza sativa
LOC_Os08g27110
N
1.000
LOC_Os08g26910
Oryza sativa
LOC_Os08g26910
N
1.000
LOC_Os08g24220
Oryza sativa
LOC_Os08g24220
N
0.889
LOC_Os08g23400
Oryza sativa
LOC_Os08g23400
N
0.944
LOC_Os08g22990
Oryza sativa
LOC_Os08g22990
N
1.000
LOC_Os08g22960
Oryza sativa
LOC_Os08g22960
N
1.000
LOC_Os10g03250
Oryza sativa
LOC_Os10g03250
N
1.000
LOC_Os10g06310
Oryza sativa
LOC_Os10g06310
N
0.944
LOC_Os10g12530
Oryza sativa
LOC_Os10g12530
N
1.000
LOC_Os10g12160
Oryza sativa
LOC_Os10g12160
N
0.944
LOC_Os10g11702
Oryza sativa
LOC_Os10g11702
N
1.000
LOC_Os10g11400
Oryza sativa
LOC_Os10g11400
N
1.000
LOC_Os10g10600
Oryza sativa
LOC_Os10g10600
N
1.000
LOC_Os10g09970
Oryza sativa
LOC_Os10g09970
N
0.944
LOC_Os10g09500
Oryza sativa
LOC_Os10g09500
N
0.944
LOC_Os10g09460
Oryza sativa
LOC_Os10g09460
N
0.944
LOC_Os10g09440
Oryza sativa
LOC_Os10g09440
N
0.944
LOC_Os10g09060
Oryza sativa
LOC_Os10g09060
N
0.944
LOC_Os10g08180
Oryza sativa
LOC_Os10g08180
N
1.000
LOC_Os10g06550
Oryza sativa
LOC_Os10g06550
N
1.000
LOC_Os10g06520
Oryza sativa
LOC_Os10g06520
N
1.000
LOC_Os08g22110
Oryza sativa
LOC_Os08g22110
N
0.000
LOC_Os08g21360
Oryza sativa
LOC_Os08g21360
N
1.000
LOC_Os08g06990
Oryza sativa
LOC_Os08g06990
N
1.000
LOC_Os08g05180
Oryza sativa
LOC_Os08g05180
N
1.000
LOC_Os07g45830
Oryza sativa
LOC_Os07g45830
N
0.889
LOC_Os07g45610
Oryza sativa
LOC_Os07g45610
N
1.000
LOC_Os07g43630
Oryza sativa
LOC_Os07g43630
N
0.944
LOC_Os07g30310
Oryza sativa
LOC_Os07g30310
N
1.000
LOC_Os07g28200
Oryza sativa
LOC_Os07g28200
N
0.889
LOC_Os07g25330
Oryza sativa
LOC_Os07g25330
N
0.944
LOC_Os07g25200
Oryza sativa
LOC_Os07g25200
N
0.944
LOC_Os07g25190
Oryza sativa
LOC_Os07g25190
N
0.944
LOC_Os07g25110
Oryza sativa
LOC_Os07g25110
N
0.944
LOC_Os07g25040
Oryza sativa
LOC_Os07g25040
N
0.833
LOC_Os07g24910
Oryza sativa
LOC_Os07g24910
N
0.889
LOC_Os08g09140
Oryza sativa
LOC_Os08g09140
N
1.000
LOC_Os08g11430
Oryza sativa
LOC_Os08g11430
N
0.944
LOC_Os08g21110
Oryza sativa
LOC_Os08g21110
N
1.000
LOC_Os08g20770
Oryza sativa
LOC_Os08g20770
N
1.000
LOC_Os08g17890
Oryza sativa
LOC_Os08g17890
N
0.833
LOC_Os08g16180
Oryza sativa
LOC_Os08g16180
N
1.000
LOC_Os08g14250
Oryza sativa
LOC_Os08g14250
N
1.000
LOC_Os08g12540
Oryza sativa
LOC_Os08g12540
N
1.000
LOC_Os08g12470
Oryza sativa
LOC_Os08g12470
N
1.000
LOC_Os08g12000
Oryza sativa
LOC_Os08g12000
N
0.944
LOC_Os08g11980
Oryza sativa
LOC_Os08g11980
N
1.000
LOC_Os08g11960
Oryza sativa
LOC_Os08g11960
N
0.944
LOC_Os08g11850
Oryza sativa
LOC_Os08g11850
N
1.000
LOC_Os08g11830
Oryza sativa
LOC_Os08g11830
N
0.944
LOC_Os08g11800
Oryza sativa
LOC_Os08g11800
N
0.889
LOC_Os07g24660
Oryza sativa
LOC_Os07g24660
N
0.944
LOC_Os12g43230
Oryza sativa
LOC_Os12g43230
N
0.944
LOC_Os12g25980
Oryza sativa
LOC_Os12g25980
N
1.000
LOC_Os12g24364
Oryza sativa
LOC_Os12g24364
N
1.000
LOC_Os12g22380
Oryza sativa
LOC_Os12g22380
N
0.778
LOC_Os12g20110
Oryza sativa
LOC_Os12g20110
N
1.000
LOC_Os12g20060
Oryza sativa
LOC_Os12g20060
N
1.000
LOC_Os12g19620
Oryza sativa
LOC_Os12g19620
N
0.833
LOC_Os12g16800
Oryza sativa
LOC_Os12g16800
N
1.000
LOC_Os12g16050
Oryza sativa
LOC_Os12g16050
N
1.000
LOC_Os12g15650
Oryza sativa
LOC_Os12g15650
N
1.000
LOC_Os12g11810
Oryza sativa
LOC_Os12g11810
N
1.000
LOC_Os11g44710
Oryza sativa
LOC_Os11g44710
N
1.000
LOC_Os11g42650
Oryza sativa
LOC_Os11g42650
N
0.944
LOC_Os12g26610
Oryza sativa
LOC_Os12g26610
N
1.000
LOC_Os12g26780
Oryza sativa
LOC_Os12g26780
N
0.944
LOC_Os12g43050
Oryza sativa
LOC_Os12g43050
N
0.833
LOC_Os12g35130
Oryza sativa
LOC_Os12g35130
N
1.000
LOC_Os12g34650
Oryza sativa
LOC_Os12g34650
N
0.778
LOC_Os12g33910
Oryza sativa
LOC_Os12g33910
N
1.000
LOC_Os12g33450
Oryza sativa
LOC_Os12g33450
N
1.000
LOC_Os12g31250
Oryza sativa
LOC_Os12g31250
N
1.000
LOC_Os12g30400
Oryza sativa
LOC_Os12g30400
N
1.000
LOC_Os12g29000
Oryza sativa
LOC_Os12g29000
N
1.000
LOC_Os12g28970
Oryza sativa
LOC_Os12g28970
N
1.000
LOC_Os12g28220
Oryza sativa
LOC_Os12g28220
N
1.000
LOC_Os12g27880
Oryza sativa
LOC_Os12g27880
N
0.944
LOC_Os12g27140
Oryza sativa
LOC_Os12g27140
N
1.000
LOC_Os12g26830
Oryza sativa
LOC_Os12g26830
N
1.000
LOC_Os11g42250
Oryza sativa
LOC_Os11g42250
N
1.000
LOC_Os11g35680
Oryza sativa
LOC_Os11g35680
N
1.000
LOC_Os11g12200
Oryza sativa
LOC_Os11g12200
N
1.000
LOC_Os11g12130
Oryza sativa
LOC_Os11g12130
N
0.944
LOC_Os11g12060
Oryza sativa
LOC_Os11g12060
N
0.944
LOC_Os11g11170
Oryza sativa
LOC_Os11g11170
N
1.000
LOC_Os10g24540
Oryza sativa
LOC_Os10g24540
N
0.944
LOC_Os10g23880
Oryza sativa
LOC_Os10g23880
N
0.889
LOC_Os10g20190
Oryza sativa
LOC_Os10g20190
N
1.000
LOC_Os10g18650
Oryza sativa
LOC_Os10g18650
N
1.000
LOC_Os10g18580
Oryza sativa
LOC_Os10g18580
N
1.000
LOC_Os10g18294
Oryza sativa
LOC_Os10g18294
N
1.000
LOC_Os10g17900
Oryza sativa
LOC_Os10g17900
N
0.944
LOC_Os10g17350
Oryza sativa
LOC_Os10g17350
N
0.944
LOC_Os10g17170
Oryza sativa
LOC_Os10g17170
N
0.944
LOC_Os11g14610
Oryza sativa
LOC_Os11g14610
N
0.889
LOC_Os11g14650
Oryza sativa
LOC_Os11g14650
N
0.778
LOC_Os11g35560
Oryza sativa
LOC_Os11g35560
N
0.944
LOC_Os11g33454
Oryza sativa
LOC_Os11g33454
N
1.000
LOC_Os11g27850
Oryza sativa
LOC_Os11g27850
N
0.944
LOC_Os11g26540
Oryza sativa
LOC_Os11g26540
N
1.000
LOC_Os11g26500
Oryza sativa
LOC_Os11g26500
N
1.000
LOC_Os11g26360
Oryza sativa
LOC_Os11g26360
N
1.000
LOC_Os11g23960
Oryza sativa
LOC_Os11g23960
N
0.944
LOC_Os11g22550
Oryza sativa
LOC_Os11g22550
N
0.889
LOC_Os11g22540
Oryza sativa
LOC_Os11g22540
N
0.889
LOC_Os11g21870
Oryza sativa
LOC_Os11g21870
N
0.889
LOC_Os11g21790
Oryza sativa
LOC_Os11g21790
N
0.889
LOC_Os11g19430
Oryza sativa
LOC_Os11g19430
N
0.833
LOC_Os11g15690
Oryza sativa
LOC_Os11g15690
N
0.833
LOC_Os10g13530
Oryza sativa
LOC_Os10g13530
N
1.000
LOC_Os07g22410
Oryza sativa
LOC_Os07g22410
N
1.000
LOC_Os04g18900
Oryza sativa
LOC_Os04g18900
N
0.889
LOC_Os04g07320
Oryza sativa
LOC_Os04g07320
N
1.000
LOC_Os04g06360
Oryza sativa
LOC_Os04g06360
N
0.944
LOC_Os04g06130
Oryza sativa
LOC_Os04g06130
N
0.944
LOC_Os04g06080
Oryza sativa
LOC_Os04g06080
N
1.000
LOC_Os04g05970
Oryza sativa
LOC_Os04g05970
N
1.000
LOC_Os04g05290
Oryza sativa
LOC_Os04g05290
N
0.944
LOC_Os04g05200
Oryza sativa
LOC_Os04g05200
N
1.000
LOC_Os04g04900
Oryza sativa
LOC_Os04g04900
N
1.000
LOC_Os04g04550
Oryza sativa
LOC_Os04g04550
N
0.944
LOC_Os04g04160
Oryza sativa
LOC_Os04g04160
N
1.000
LOC_Os04g03190
Oryza sativa
LOC_Os04g03190
N
0.833
LOC_Os03g48990
Oryza sativa
LOC_Os03g48990
N
1.000
LOC_Os03g45550
Oryza sativa
LOC_Os03g45550
N
0.889
LOC_Os04g07340
Oryza sativa
LOC_Os04g07340
N
1.000
LOC_Os04g07470
Oryza sativa
LOC_Os04g07470
N
1.000
LOC_Os04g18884
Oryza sativa
LOC_Os04g18884
N
1.000
LOC_Os04g18750
Oryza sativa
LOC_Os04g18750
N
0.944
LOC_Os04g18600
Oryza sativa
LOC_Os04g18600
N
1.000
LOC_Os04g18500
Oryza sativa
LOC_Os04g18500
N
1.000
LOC_Os04g14890
Oryza sativa
LOC_Os04g14890
N
0.944
LOC_Os04g14620
Oryza sativa
LOC_Os04g14620
N
0.944
LOC_Os04g13810
Oryza sativa
LOC_Os04g13810
N
0.889
LOC_Os04g12310
Oryza sativa
LOC_Os04g12310
N
1.000
LOC_Os04g12210
Oryza sativa
LOC_Os04g12210
N
0.889
LOC_Os04g08832
Oryza sativa
LOC_Os04g08832
N
0.889
LOC_Os04g08540
Oryza sativa
LOC_Os04g08540
N
1.000
LOC_Os04g07710
Oryza sativa
LOC_Os04g07710
N
1.000
LOC_Os04g07660
Oryza sativa
LOC_Os04g07660
N
1.000
LOC_Os03g41960
Oryza sativa
LOC_Os03g41960
N
0.944
LOC_Os03g39450
Oryza sativa
LOC_Os03g39450
N
0.778
LOC_Os01g47150
Oryza sativa
LOC_Os01g47150
N
1.000
LOC_Os01g46632
Oryza sativa
LOC_Os01g46632
N
1.000
LOC_Os01g45490
Oryza sativa
LOC_Os01g45490
N
1.000
LOC_Os01g39930
Oryza sativa
LOC_Os01g39930
N
1.000
LOC_Os01g39200
Oryza sativa
LOC_Os01g39200
N
1.000
LOC_Os01g35710
Oryza sativa
LOC_Os01g35710
N
0.944
LOC_Os01g35070
Oryza sativa
LOC_Os01g35070
N
0.833
LOC_Os01g28330
Oryza sativa
LOC_Os01g28330
N
1.000
LOC_Os01g27320
Oryza sativa
LOC_Os01g27320
N
1.000
LOC_Os01g22180
Oryza sativa
LOC_Os01g22180
N
1.000
LOC_Os01g21536
Oryza sativa
LOC_Os01g21536
N
0.778
13114.t00077
Oryza sativa
13114.t00077
N
0.944
13113.t00063
Oryza sativa
13113.t00063
N
1.000
LOC_Os01g60380
Oryza sativa
LOC_Os01g60380
N
1.000
LOC_Os01g63080
Oryza sativa
LOC_Os01g63080
N
0.944
LOC_Os03g35830
Oryza sativa
LOC_Os03g35830
N
0.944
LOC_Os03g35430
Oryza sativa
LOC_Os03g35430
N
0.889
LOC_Os03g26760
Oryza sativa
LOC_Os03g26760
N
1.000
LOC_Os03g23780
Oryza sativa
LOC_Os03g23780
N
0.944
LOC_Os03g23110
Oryza sativa
LOC_Os03g23110
N
0.944
LOC_Os03g21350
Oryza sativa
LOC_Os03g21350
N
1.000
LOC_Os02g38630
Oryza sativa
LOC_Os02g38630
N
1.000
LOC_Os02g25180
Oryza sativa
LOC_Os02g25180
N
0.833
LOC_Os02g23840
Oryza sativa
LOC_Os02g23840
N
1.000
LOC_Os02g18340
Oryza sativa
LOC_Os02g18340
N
0.833
LOC_Os02g16960
Oryza sativa
LOC_Os02g16960
N
0.944
LOC_Os02g16190
Oryza sativa
LOC_Os02g16190
N
1.000
LOC_Os02g04940
Oryza sativa
LOC_Os02g04940
N
0.944
13113.t00059
Oryza sativa
13113.t00059
N
1.000
LOC_Os07g22060
Oryza sativa
LOC_Os07g22060
N
0.944
LOC_Os07g10080
Oryza sativa
LOC_Os07g10080
N
1.000
LOC_Os06g42250
Oryza sativa
LOC_Os06g42250
N
0.944
LOC_Os06g40260
Oryza sativa
LOC_Os06g40260
N
0.944
LOC_Os06g36540
Oryza sativa
LOC_Os06g36540
N
1.000
LOC_Os06g35220
Oryza sativa
LOC_Os06g35220
N
0.833
LOC_Os06g33950
Oryza sativa
LOC_Os06g33950
N
1.000
LOC_Os06g32490
Oryza sativa
LOC_Os06g32490
N
1.000
LOC_Os06g32010
Oryza sativa
LOC_Os06g32010
N
1.000
LOC_Os06g31830
Oryza sativa
LOC_Os06g31830
N
0.000
LOC_Os06g25320
Oryza sativa
LOC_Os06g25320
N
0.944
LOC_Os06g21059
Oryza sativa
LOC_Os06g21059
N
1.000
LOC_Os06g21050
Oryza sativa
LOC_Os06g21050
N
1.000
LOC_Os06g19930
Oryza sativa
LOC_Os06g19930
N
1.000
LOC_Os07g11640
Oryza sativa
LOC_Os07g11640
N
0.944
LOC_Os07g11800
Oryza sativa
LOC_Os07g11800
N
0.944
LOC_Os07g20460
Oryza sativa
LOC_Os07g20460
N
1.000
LOC_Os07g19370
Oryza sativa
LOC_Os07g19370
N
1.000
LOC_Os07g18350
Oryza sativa
LOC_Os07g18350
N
0.944
LOC_Os07g17810
Oryza sativa
LOC_Os07g17810
N
0.833
LOC_Os07g16860
Oryza sativa
LOC_Os07g16860
N
0.944
LOC_Os07g16770
Oryza sativa
LOC_Os07g16770
N
1.000
LOC_Os07g16700
Oryza sativa
LOC_Os07g16700
N
0.944
LOC_Os07g16630
Oryza sativa
LOC_Os07g16630
N
1.000
LOC_Os07g16590
Oryza sativa
LOC_Os07g16590
N
0.944
LOC_Os07g16570
Oryza sativa
LOC_Os07g16570
N
1.000
LOC_Os07g16520
Oryza sativa
LOC_Os07g16520
N
0.944
LOC_Os07g16400
Oryza sativa
LOC_Os07g16400
N
1.000
LOC_Os07g16240
Oryza sativa
LOC_Os07g16240
N
0.833
LOC_Os06g18800
Oryza sativa
LOC_Os06g18800
N
1.000
LOC_Os06g17610
Oryza sativa
LOC_Os06g17610
N
1.000
LOC_Os05g17630
Oryza sativa
LOC_Os05g17630
N
0.944
LOC_Os05g17570
Oryza sativa
LOC_Os05g17570
N
1.000
LOC_Os05g17470
Oryza sativa
LOC_Os05g17470
N
1.000
LOC_Os05g17420
Oryza sativa
LOC_Os05g17420
N
0.944
LOC_Os05g17360
Oryza sativa
LOC_Os05g17360
N
0.944
LOC_Os05g15580
Oryza sativa
LOC_Os05g15580
N
0.944
LOC_Os05g15560
Oryza sativa
LOC_Os05g15560
N
1.000
LOC_Os04g56890
Oryza sativa
LOC_Os04g56890
N
0.889
LOC_Os04g38090
Oryza sativa
LOC_Os04g38090
N
1.000
LOC_Os04g29330
Oryza sativa
LOC_Os04g29330
N
0.889
LOC_Os04g22980
Oryza sativa
LOC_Os04g22980
N
1.000
LOC_Os04g21500
Oryza sativa
LOC_Os04g21500
N
1.000
LOC_Os04g20850
Oryza sativa
LOC_Os04g20850
N
1.000
LOC_Os05g18340
Oryza sativa
LOC_Os05g18340
N
0.889
LOC_Os05g18480
Oryza sativa
LOC_Os05g18480
N
0.778
LOC_Os06g17520
Oryza sativa
LOC_Os06g17520
N
1.000
LOC_Os06g07290
Oryza sativa
LOC_Os06g07290
N
1.000
LOC_Os06g03474
Oryza sativa
LOC_Os06g03474
N
1.000
LOC_Os06g03250
Oryza sativa
LOC_Os06g03250
N
1.000
LOC_Os05g26470
Oryza sativa
LOC_Os05g26470
N
1.000
LOC_Os05g26230
Oryza sativa
LOC_Os05g26230
N
0.944
LOC_Os05g24680
Oryza sativa
LOC_Os05g24680
N
0.944
LOC_Os05g22810
Oryza sativa
LOC_Os05g22810
N
0.944
LOC_Os05g20480
Oryza sativa
LOC_Os05g20480
N
1.000
LOC_Os05g20129
Oryza sativa
LOC_Os05g20129
N
1.000
LOC_Os05g19900
Oryza sativa
LOC_Os05g19900
N
0.944
LOC_Os05g19650
Oryza sativa
LOC_Os05g19650
N
0.944
LOC_Os05g19220
Oryza sativa
LOC_Os05g19220
N
0.944
LOC_Os04g19660
Oryza sativa
LOC_Os04g19660
N
0.944