LOC100403904 (Callithrix jacchus)
CSD

RBP Information

Pfam ID Interpro ID Gene ID CISBP-RNA ID Sequence source
PF00313 (CSD) IPR002059 ENSCJAG00000016581 T16784_0.6 Ensembl (2011-Oct-26) Link out

Directly determined binding motifs

Name/Motif ID Species Sequence Logo IUPAC Type/Study/Study ID RBD
Identity
No direct experiments

Motifs from related RBPs

Name/Motif ID Species Sequence Logo IUPAC Type/Study/Study ID RBD
Identity
YBX2
M082_0.6 		Homo sapiens AACAWCD RNAcompete
Ray et al.(2013)
RNCMPT00084 		0.972
ybx2-a
M260_0.6 		Xenopus laevis GCCANACCAYCGC SELEX
Cook et al.(2011)
130_11376140 		0.958
ybx2-a
M254_0.6 		Xenopus laevis KAACAUCU SELEX
Cook et al.(2011)
115_7499328 		0.958
ybx2-a
M250_0.6 		Xenopus laevis UAACAUC SELEX
Cook et al.(2011)
114_7499328 		0.958
YB-1
M111_0.6 		Homo sapiens AACAUCD RNAcompete
Ray et al.(2013)
RNCMPT00116 		0.931
YB-1
M081_0.6 		Homo sapiens AACAUC RNAcompete
Ray et al.(2013)
RNCMPT00083 		0.931
For this family, RBPs with RBD identity > 0.7 will likely have a similar motif

RNA Binding Domains

Protein ID Domain From To Sequence
ENSCJAP00000030517 CSD 100 170

Links

Other CSD family RBPs
Other Callithrix jacchus RBPs

202 Related RBPs

Due to potential differences in protein isoforms or tested constructs, some RBPs without inferred motifs might appear in this list.
Name Species Gene ID Motif Evidence RBD
Identity		 Action
LOC_Os01g01240 Oryza sativa LOC_Os01g01240 N 0.000
LOC_Os01g32220 Oryza sativa LOC_Os01g32220 N 0.000
LOC_Os01g36360 Oryza sativa LOC_Os01g36360 N 0.000
LOC_Os01g53960 Oryza sativa LOC_Os01g53960 N 0.000
LOC_Os01g71530 Oryza sativa LOC_Os01g71530 N 0.000
LOC_Os02g28010 Oryza sativa LOC_Os02g28010 N 0.000
LOC_Os02g30580 Oryza sativa LOC_Os02g30580 N 0.000
LOC_Os02g36790 Oryza sativa LOC_Os02g36790 N 0.000
LOC_Os02g47540 Oryza sativa LOC_Os02g47540 N 0.000
LOC_Os02g49490 Oryza sativa LOC_Os02g49490 N 0.000
LOC_Os03g26750 Oryza sativa LOC_Os03g26750 N 0.000
LOC_Os03g33140 Oryza sativa LOC_Os03g33140 N 0.000
LOC_Os03g39250 Oryza sativa LOC_Os03g39250 N 0.000
LOC_Os03g49330 Oryza sativa LOC_Os03g49330 N 0.000
LOC_Os04g10620 Oryza sativa LOC_Os04g10620 N 0.000
LOC_Os04g21560 Oryza sativa LOC_Os04g21560 N 0.000
LOC_Os04g22680 Oryza sativa LOC_Os04g22680 N 0.000
LOC_Os04g34350 Oryza sativa LOC_Os04g34350 N 0.000
LOC_Os04g55890 Oryza sativa LOC_Os04g55890 N 0.000
LOC_Os05g05420 Oryza sativa LOC_Os05g05420 N 0.000
LOC_Os05g13610 Oryza sativa LOC_Os05g13610 N 0.000
LOC_Os05g16600 Oryza sativa LOC_Os05g16600 N 0.000
LOC_Os05g19410 Oryza sativa LOC_Os05g19410 N 0.000
LOC_Os05g19730 Oryza sativa LOC_Os05g19730 N 0.000
LOC_Os05g39740 Oryza sativa LOC_Os05g39740 N 0.000
LOC_Os05g44490 Oryza sativa LOC_Os05g44490 N 0.000
LOC_Os05g45630 Oryza sativa LOC_Os05g45630 N 0.000
LOC_Os06g07520 Oryza sativa LOC_Os06g07520 N 0.000
LOC_Os06g19240 Oryza sativa LOC_Os06g19240 N 0.000
LOC_Os06g32100 Oryza sativa LOC_Os06g32100 N 0.000
LOC_Os06g35710 Oryza sativa LOC_Os06g35710 N 0.000
LOC_Os07g13420 Oryza sativa LOC_Os07g13420 N 0.000
LOC_Os07g15210 Oryza sativa LOC_Os07g15210 N 0.000
LOC_Os07g41500 Oryza sativa LOC_Os07g41500 N 0.000
LOC_Os07g41510 Oryza sativa LOC_Os07g41510 N 0.000
LOC_Os07g41520 Oryza sativa LOC_Os07g41520 N 0.000
LOC_Os07g41530 Oryza sativa LOC_Os07g41530 N 0.000
LOC_Os08g11910 Oryza sativa LOC_Os08g11910 N 0.000
LOC_Os08g20110 Oryza sativa LOC_Os08g20110 N 0.000
LOC_Os08g25330 Oryza sativa LOC_Os08g25330 N 0.000
LOC_Os09g02460 Oryza sativa LOC_Os09g02460 N 0.000
LOC_Os09g04740 Oryza sativa LOC_Os09g04740 N 0.000
LOC_Os09g10920 Oryza sativa LOC_Os09g10920 N 0.000
LOC_Os09g16430 Oryza sativa LOC_Os09g16430 N 0.000
LOC_Os09g21640 Oryza sativa LOC_Os09g21640 N 0.000
LOC_Os10g06840 Oryza sativa LOC_Os10g06840 N 0.000
LOC_Os10g10920 Oryza sativa LOC_Os10g10920 N 0.000
LOC_Os10g18200 Oryza sativa LOC_Os10g18200 N 0.000
LOC_Os10g42050 Oryza sativa LOC_Os10g42050 N 0.000
LOC_Os11g06259 Oryza sativa LOC_Os11g06259 N 0.000
LOC_Os11g06268 Oryza sativa LOC_Os11g06268 N 0.000
LOC_Os11g20150 Oryza sativa LOC_Os11g20150 N 0.000
LOC_Os11g21980 Oryza sativa LOC_Os11g21980 N 0.000
LOC_Os11g23840 Oryza sativa LOC_Os11g23840 N 0.000
LOC_Os11g25590 Oryza sativa LOC_Os11g25590 N 0.000
LOC_Os11g26460 Oryza sativa LOC_Os11g26460 N 0.000
LOC_Os11g31240 Oryza sativa LOC_Os11g31240 N 0.000
LOC_Os12g16920 Oryza sativa LOC_Os12g16920 N 0.000
LOC_Os12g19750 Oryza sativa LOC_Os12g19750 N 0.000
LOC_Os12g19770 Oryza sativa LOC_Os12g19770 N 0.000
LOC_Os12g29130 Oryza sativa LOC_Os12g29130 N 0.000
LOC_Os12g29380 Oryza sativa LOC_Os12g29380 N 0.000
LOC_Os12g30340 Oryza sativa LOC_Os12g30340 N 0.000
LOC_Os12g40030 Oryza sativa LOC_Os12g40030 N 0.000
LOC_Os12g40040 Oryza sativa LOC_Os12g40040 N 0.000